В Государственном архиве Российской Федерации хранится последнее, неоконченное письмо Евгения Сергеевича, написанное накануне страшной ночи убийства: «Я делаю последнюю попытку написать настоящее письмо – по крайней мере, отсюда… Мое добровольное заточение здесь настолько временем не ограничено, насколько ограничено мое земное существование. В сущности, я умер, умер для своих детей, для друзей, для дела... Я умер, но еще не похоронен, или заживо погребен – все равно, последствия практически одинаковы…
Позавчера я спокойно читал… и вдруг увидел краткое видение – лицо моего сына Юрия, но мертвого, в горизонтальном положении, с закрытыми глазами. Вчера, за тем же чтением я вдруг услышал слово, которое прозвучало как «Папуля». Я едва не разрыдался. И это слово не галлюцинация, потому что и голос был похож, и я на мгновение не сомневался, что это моя дочь, которая должна быть в Тобольске, говорит со мною… Я, вероятно, никогда больше не услышу этот такой дорогой голос и не почувствую те столь дорогие объятья, которыми мои детки так меня баловали…
Надеждой себя не балую, иллюзиями не убаюкиваюсь и неприкрашенной действительности смотрю прямо в глаза… Меня поддерживает убеждение, что “претерпевший до конца спасется“ и сознание, что я остаюсь верным принципам выпуска 1889-го года. Если вера без дел мертва, то дела без веры могут существовать, и если кому из нас к делам присоединится и вера, то это лишь по особой к нему милости Божьей…
Это оправдывает и последнее мое решение, когда я не поколебался покинуть своих детей круглыми сиротами, чтобы исполнить свой врачебный долг до конца, как Авраам не поколебался по требованию Бога принести ему в жертву своего единственного сына».
Последний русский лейб-медик Евгений Сергеевич Боткин, выполняя свой врачебный и человеческий долг, сознательно оставался с Царской Семьей до последних дней Их жизни и вместе с ними принял мученическую кончину в подвале Ипатьевского дома в ночь с 16 на 17 июля 1918 г.